哈巴河分局始建于1958年3月，当时称哈巴河县森林经营所，归哈巴河县政府领导，属国有森工企业，以生产木材为主，采伐、营林、加工、多种经营并举，当时职工人数为60人；1959年1月改名为哈巴河县林场，仍归县政府领导；1979年底，阿尔泰山林业局成立，改哈巴河县林场为哈巴河林场，划归阿尔泰山林业局领导。分局场址在哈巴河县阿克齐镇人民路以南，占地面积7045m²。1987年哈巴河林场东北部的哈纳斯湖区经原林业部批准，划归喀纳斯自然保护区管辖，至此，哈巴河分局范围基本稳定。
2012年10月，哈巴河林场由企业转为事业单位，林场更名为阿尔泰山国有林管理哈巴河分局。
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