阿尔泰山国有林管理局哈巴河分局下设7个职能科室办公室（党委办公室）、森林资源和林政管理科、天保工程及公益林管理（产业）科、计划资金管理科、森林保护科、组织劳动人事科、纪检监察室（工会）。